BEACH
Baignade En milieux nAturels : impacts sur les Communautés végétales et les Habitats aquatiques
Résumé : La baignade en milieu naturel peut engendrer des impacts écologiques négatifs encore peu étudiés. En particulier, les conséquences directes de la baignade sur l'habitat aquatique restent largement méconnues, hormis certains effets sur la qualité de l'eau, comme ceux induits par les crèmes solaires. Les études existantes montrent que, sur les berges, les activités humaines entraînent une compaction des sédiments, une diminution du recouvrement végétal ou une perte des espèces sensibles. Les plantes aquatiques, particulièrement vulnérables car colonisant les zones peu profondes où la baignade est fréquente, sont probablement également impactées par la baignade, avec des effets comparables à ceux observés sur les berges. Ce projet vise à évaluer les impacts de la baignade sur les sédiments et la végétation aquatique. Il s’appuie sur un suivi de sites localisés dans la région et caractérisés par différents niveaux de pratique de la baignade. Les contraintes induites par les activités de baignade seront quantifiées par la mesure d’une combinaison de paramètres physiques de l’eau et du sédiment. Les effets des activités de baignade sur les communautés végétales seront étudiés par une approche fonctionnelle. Ce travail permettra d’évaluer la compatibilité des activités de baignade avec la préservation de la biodiversité aquatique, et d’identifier les conditions environnementales les plus sensibles, en vue de proposer des mesures de gestion ou de protection adaptées.
BioFillingALone
Approche interdisciplinaire pour comprendre les processus de comblement et d’archivage de la biodiversité dans les annexes fluviales
Résumé: Les annexes fluviales (notamment les lônes) jouent un rôle écologique et hydromorphologique majeur dans les plaines alluviales. Néanmoins, plusieurs études ont démontré leur remplissage rapide suite aux aménagements des années 1950-1970, entraînant leur disparition dans de nombreux cas. Dans le cadre des opérations de restauration sur le corridor Rhône-Saône, une meilleure connaissance des processus menant à leur comblement est nécessaire. Le projet BioFillingALone propose une approche innovante et interdisciplinaire pour étudier le comblement des lônes depuis la première moitié du XXe siècle, en croisant l’analyse de biomarqueurs sédimentaires (ADN environnemental, macro-restes) et l’évolution de l’occupation des sols, afin de reconstituer les successions végétales et d’identifier les sources potentielles des sédiments. L’objectif est de mieux comprendre les mécanismes de comblement afin d’améliorer les stratégies de restauration, en s’appuyant sur des méthodes complémentaires et une collaboration entre sédimentologue, écologue et géographe. Le site d’étude, la lône d’Uchizy (Saône), offre un contexte géohistorique et sédimentologique favorable, avec des archives organiques préservées depuis le début du XXe siècle. Les résultats attendus devraient permettre de spatialiser les sources de sédiments, d’identifier les périodes clés de comblement et d’éclairer les politiques de conservation, en fournissant aux gestionnaires des données précieuses pour adapter les plans de gestion des zones humides. Ce projet pilote, mené à une échelle locale, vise à être étendu à d’autres secteurs alluviaux, avec un potentiel pour des applications plus larges dans la gestion des milieux fluviaux.
MICROPLAST-DIPPERS
Mesure et impact des microplastiques chez un bioindicateur des écosystèmes de rivières : exploration des effets individuels et environnementaux sur les microplastiques dans une population naturelle de cincles plongeurs Cinclus cinclus
Résumé: Parmi les polluants chimiques, les microplastiques, et leur transfert à la faune sauvage, suscitent une inquiétude croissante du fait de leur omniprésence et persistance. La compréhension de leurs effets à long terme est essentielle pour réduire l’impact de cette pression grandissante sur les organismes ; pourtant, elle reste encore mal appréhendée en milieu naturel. En particulier, les études se sont surtout attachées à décrire les risques d’exposition aux microplastiques, sur un spectre d’espèces et de milieux encore limité. Afin de mieux comprendre l’impact des microplastiques sur le fonctionnement des organismes à différents niveaux (physiologie, comportement, histoire de vie), ce projet propose d’utiliser une population suivie à long terme d’un passereau bioindicateur des milieux de rivières, le cincle plongeur. Le projet combine analyse (non invasive) des microplastiques en laboratoire et suivi à long terme des individus pour mesurer la variation spatiale des microplastiques et la relier aux facteurs environnementaux (en particulier empreinte humaine et urbanisation) et individuels (âge, origine et histoire de reproduction précédente) en milieu naturel. Les résultats de cette première étape ouvriront des perspectives pour comprendre l’impact des microplastiques sur le devenir à long terme des individus et le fonctionnement de la population, ainsi que leurs interactions avec d’autres sources de stress dans les populations naturelles, incluant d’autres types de polluants.
PHARE
Calcium et biocontrôle : rôles de la signalisation calcique dans l’infection phagique des bactéries phytopathogènes
Résumé : Les bactériophages, virus infectant les bactéries, représentent une alternative prometteuse aux produits phytosanitaires chimiques. Ils pourraient notamment offrir une solution durable contre Xanthomonas hortorum pv. vitians (Xhv), l’agent responsable de la bactériose de la laitue, maladie à fort impact économique. Pourtant, leur usage en biocontrôle reste limité, en raison d’un manque de connaissances sur les mécanismes moléculaires qui régissent les interactions phage–bactérie. Ce projet explore une piste innovante : le rôle de la signalisation calcique bactérienne dans la vulnérabilité à l’infection phagique. Alors que le calcium est reconnu comme un régulateur universel chez les cellules eucaryotes, son rôle chez les bactéries reste très méconnu, malgré des indices suggérant qu’il pourrait influencer la virulence, la formation de biofilms et la réponse au stress. L’objectif est multiple : (1) développer des outils expérimentaux permettant de suivre en temps réel les fluctuations calciques dans Xhv, (2) caractériser les dynamiques calciques lors d’infections phagiques, (3) identifier et sélectionner des phages capables de moduler cette signalisation pour optimiser leur efficacité en biocontrôle, (4) valider ces approches sur plante hôte, et (5) identifier les leviers et les freins à la substituabilité des bactériophages aux produits phytosanitaires dans le maraîchage. À terme, ce projet vise à poser les bases d’une stratégie innovante de biocontrôle durable, tout en ouvrant de nouvelles perspectives de recherche sur les interactions plante– bactérie–phage.
