Bourse de mobilité

Université de Lorraine sur le site de la FST de Vandoeuvreles-Nancy

Objectif

Formation complémentaire en expérimentation animale sur le poisson: acquérir des compétences spécifiques aux différentes espèces de poissons, savoir gérer l’impact de ces manipulations au quotidien, gérer les signes de mal-être ou de stress tout au long de leur présence à l’animalerie, que ce soit consécutif à leur introduction dans un site d’hébergement contrôlé tel que l’animalerie ou aux expérimentations scientifiques.

Modalités de partage à la communauté du site

Plateforme ouverte aux différentes unités membres de la FR BioEEnViS.

University of Eastern Finland, Kuopio Finlande

Objectif

Compilation des données de séquencage et formation sur une nouvelle méthode de métagénomique ciblée pour la caractérisation de la diversité des échantillons des communautés microbiennes complexes.

Modalités de partage à la communauté du site

Transmettre les connaissances acquises aux membres de l'équipe DIVE-N et au personnel de la plateforme de génomique environnementale (PGE) du LEM ainsi qu'avec le personnel de la platefrome DTAMB en partageant un protocole écrit de la méthode de métagénomique.

Valbonne

Objectif

Formation Biologie cellulaire et microbiologie CNRS sur la technique de cytométrie en flux et le tri cellulaire.

Modalités de partage à la communauté du site

Une technologie qui pourra être transférée vers n’importe quel autre modèle cellulaire et pourra être d’intérêt pour plusieurs unités de la FR (BF2i, LBBE, LEM, MAP). La cytométrie et le tri cellulaire sont une évolution naturelle des techniques déjà utilisées en routine car ils ouvrent des possibilités d'études génétiques personnalisées sur les sous-populations cellulaires triées : cultures d'enrichissement, isolement de la biosphère rare, séquençage / génomique / transcriptomique « single cell », séparation de sous populations infectées qui sont indispensables pour comprendre les interactions entre la cellule et son environnement.

Centre de Villejuif

Objectif

Formation CNRS de conduite de L3 organisée.

Modalités de partage à la communauté du site

Transfert de la technologie : formation des premiers utilisateurs L3 et finalisation de rédaction du livret d'agrément et partage d'expérience avec l'assistante de prévention du Symbiotron.

Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE) à Montpellier

Objectif

Acquérir des compétences techniques et surtout analytiques en imagerie racinaire, avec un laboratoire spécialiste et un scientifique expert de ces techniques.

Modalités de partage à la communauté du site

Rapatrier sur le site lyonnais de nouvelles compétences et présentation d'un document de synthèse des compétences acquises et d'un séminaire conjoint LEHNA/LEM.

CAUSALab Boston

Objectif

Participation à deux modules dans le cadre de "Cours d'été annuels sur l'inférence causale". Module 1 : méthode d'ajustement statistique avancées et module 2 : combiner les informations pour l'inférence causale.

Modalités de partage à la communauté du site

Formation théorique et pratique adapté aux besoins des équipes pourra être construite.

IHPE Perpignan

Objectif

Formation aux analyses bio-informatiques permettant d'interpréter les données d'ATAC-Seq.

Modalités de partage à la communauté du site

Savoir-acquis pourra percoler vers d'autres plateformes de la FR ainsi que d'autres laboratoires désireux d'utiliser cette technique. De plus un transfert des outils à ce type de methodologie est envisagé sur le site lyonnais et surtout les pérenniser.

Toulouse

Objectif

Foramtion organisée par le GDR Organoides "De la culture 3D à l'Organoide, une démarche pluridisciplinaire".

Modalités de partage à la communauté du site

Premiers essais de culture d'organoides d'inscecte en cours et en collaboration avec le laboratoire BF2I sur les bactériocytes de puceron de pois. Cette école thématique permettra de monter en compétence technique. Cette formation est unique en France et rassemble de grands spécialistes. Le transfert des compétences se fera à travers des collaborations avec des équipes de la FR, utilisation d'équipement de la FR, et par le transfert de savoir-faire par formation d'autres utilisateurs de laboratoires membres de la FR.

Institute for Plant Sciences, Université de Cologne

Objectif

Apprendre une méthode d’étude de l’expression allèle-spécifique chez la drosophile en utilisant des hybrides F1 et de leurs espèces parentales respectives dans les analyses RNAseq. L'objectif principal est de développer un pipeline bioinformatique semi-automatique, voire entièrement automatisé, pour l'analyse de l'expression allélique.

Modalités de partage à la communauté du site

Le pipeline sera accessible publiquement via un dépôt GitHub, et la technique sera présentée lors d'un séminaire ouvert organisé par notre groupe à destination des membres du LBBE, du PRABI et des chercheurs du FR BioEEnViS potentiellement intéressés. Par ailleurs, la méthode développée après la formation pourra être utilisée au sein du LBBE sur d’autres espèces et pour répondre à d'autres questions biologiques.

Unité Biostatistique et processus Spatiaux (BioSP) de l’INRAE (UR 546) à Avignon

Objectif

Application des modèles mécanistiques-statistiques aux données de collisions faune sauvage-véhicules.

Modalités de partage à la communauté du site

Ce séjour permettrait un transfert de connaissance BioSP vers les laboratoires d’écologie (LEHNA et LBBE) dont les thématiques de recherches de certaines équipes comme l’équipe Biodémographie Évolutive (LBBE) utilise de plus en plus des données issues des sciences participatives pour répondre à leurs questions de recherches.Proposition de donner un séminaire à l’échelle de la FR pour faire connaître cette méthodologie. En fonction des besoins, un workshop pratique d’une journée pourra être organisé pour les collègues qui seraient intéressé.e.s à appliquer la méthode sur leurs propres données.

Université de Liège

Objectif

Les objectifs de ce stage sont donc de i°) développer une méthode de séparation et de détection des métabolites spécifiques de l’interaction amibe-bactérie et ii°) d’identifier les métabolites via la construction et l’analyse de réseaux métaboliques.

Modalités de partage à la communauté du site

Inititation à la construction d’une librairie de métabolites produits par ces organismes facilitant ainsi leur identification. L’ensemble de la méthodologie et des connaissances acquises (méthode d’analyse et traitement des données via l’étude des réseaux métaboliques) seront transférées au CESN.Ce transfert de technologie et de savoir-faire bénéficiera à l’établissement de collaborations au sein de la communauté scientifique appartenant à la FR, en particulier aux membres s’intéressant aux médiateurs chimiques des interactions entre microorganismes.

Université de Lorraine - Site FST de Vandoeuvre les Nancy

Objectif

Formation complémentaire en expérimentation animale afin de maitriser les bonnes pratiques de laboratoire pour les recherches sur le modèle poisson : maitriser les notions de bien-être et de douleur chez le poisson, acquérir des connaissances théoriques et pratiques sur le maintien (qualité physicochimique de l’eau) et la manipulation des poissons en phase d’acclimatation et d’expérimentation (anesthésie, marquage, mises à mort), connaitre l’anatomie des poissons

Modalités de partage à la communauté du site

Plateforme ouverte aux différents labos de la FR BioEEnViS.

Plateforme d'Analyses Chimiques en Ecologie (PACE) du Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE) de Montpellier

Objectif

Formation à l’analyse des Composés Organiques Volatils (COV) de plantes in vivo par un dispositif PTR-ToF-MS. Le PTR-ToF MS permettra de surmonter le problème de sensibilité avec des temps de capture brefs (1 ou 2 minutes toutes les 30 minutes pendant 24h) et un mode de prélèvement automatisé.

Modalités de partage à la communauté du site

Le transfert des connaissances acquises sera directement réalisé auprès des chercheurs du LBVpam lors de la campagne d’analyses des lavandes qui suivra la formation. Les collaborateurs de ce projet, ainsi que les membres du laboratoire seront aussi formés lors d’une journée technique organisée au sein du LBVpam. Une présentation de la technique PTR-ToF MS, de ces potentialités et des limites, sera proposée à la comunauté scientifique de la FR.

Université de Poitiers - UMR 7267 Ecologie et Biologie des Interactions - Équipe Ecologie Evolution Symbiose

Objectif

Formation aux méthodes de dissections anatomiques de crustacés millimétriques (Isopodes, Asellidae).

Modalités de partage à la communauté du site

Les compétences acquises lors de cette mobilité seront pérennisées au sein du plateau commun DIBEE (Description et Identification de la Biodiversité en Ecologie et Environnement). La formation des personnes intéressées dans l’UMR sera assurée par ce plateau technique. De la même façon, la formation des personnes intéressées au sein de la FR sera assurée par le plateau technique DIBEE du LEHNA.

Vectopole / Mivegec ((Maladies Infectieuses et Vecteurs : Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle) et Plant Health Institute (PHIM )à Montpellier

Objectif

Visite de deux structures de confinement de niveau 3 sur Montpellier pour analyse des points critiques.

Modalités de partage à la communauté du site

Plateforme ouverte aux différentes unités membres de la FR BioEEnViS.

Université de Bruxelles (Belgique)

Objectif

Approfondir des compétences sur les méthodes d'analyse phylogéographique de pointe sur la dynamique de circulation et les facteurs de transmission du virus de la Diarhée Virale Bovine (DVB).

Modalités de partage à la communauté du site

Nouvelles connaissances pour des projets communs entre EPIA et d'autres unités de la FR (Shape-Med, LBBE).

CIRAD, Montpellier

Objectif

Réalisation d'une école d'été sur la modélisation et la simulation multi-agents appliquées à la gestion des ressources renouvelables.

Modalités de partage à la communauté du site

Présentation /introduction à la modélisation d'accompagnement et la simulation multi-agent au sein d'EVS à tous les personnels intéressés (séminaire).