Projets financés par l'AAP "Thermie" 2026

Les Pectobacteriaceae phytopathogènes (Dickeya, Pectobacterium) sont indétectables dans les eaux lacustres en hiver et constituent, en été, la quasi-totalité des bactéries pectinolytiques cultivables, avec une forte prépondérance des Dickeya (82 % des isolats sur milieu cristal violet pectate). La dynamique de recolonisation printanière et ses déterminants thermiques restent totalement inconnus. Le projet THERMO-PECTO pose la question suivante : comment l'abondance relative de Dickeya et Pectobacterium parmi les Pectobacteriaceae évolue-t-elle dans les différents compartiments lacustres (eau libre, eau de fond, sédiments, rhizosphère) lors de la descente des températures ? Quatre campagnes d'échantillonnage (août à novembre 2026, de 26 à 10 °C) dans deux étangs de la Dombes (Fondation Pierre Vérots) permettront de tester si sédiments et rhizosphère constituent des réservoirs de recolonisation et si la distribution de Dickeya et Pectobacterium entre compartiments change avec la température. Cette question est d'autant plus intrigante que les Pectobacterium, capables de croître dès 4 °C, devraient rester détectables dans l'eau froide, ce qui n'est pas le cas. Le métabarcoding du gène gapA sur MiSeq permettra de quantifier la proportion relative des deux genres directement dans l'ADN environnemental, première application de ce marqueur à des échantillons naturels. L'isolement sur milieu sélectif cristal violet pectate complète le dispositif. Ce projet associe le Laboratoire d'Écologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA, UMR5023) et le laboratoire Microbiologie, Adaptation et Pathogénie (MAP, UMR5240) au sein de l'atelier Thermie de la FR BIOEENVIS.

Résumé

Dans le contexte du changement climatique, les hydrosystèmes sont de plus en plus exposés aux vagues de chaleur atmosphériques. Cependant leur réponse est très dépendante des types de cours d’eau, de plaine ou de montagne, des conditions hydrologiques et géomorphologiques locales. En période de vague de chaleur estivale, certaines rivières et leurs annexes hydrauliques, notamment celles à fond graveleux présentent des hétérogénéités thermiques latérales ou longitudinales, mettant en évidence des zones de températures froides. Ces hétérogénéités thermiques locales sont créées généralement par la végétation aquatique immergée, la ripisylve, les apports de nappe, les structures morphologiques du lit de la rivière, ou des embâcles de bois. Ces zones, avec des températures plus froides, peuvent constituer des zones refuges pour des espèces piscicoles sensibles au réchauffement.
Cependant on connait très peu l’évolution spatiale et temporelle des anomalies thermiques et leurs facteurs de contrôle, de leurs caractéristiques physico-chimiques, ou de l’utilisation de ces zones plus froides par les communautés piscicoles. Un des verrous est donc de comprendre à l’échelle des rivières de plaine et des annexes fluviales comment les patrons spatiaux de variation de la température de l’eau influencent la répartition spatiale des poissons, en lien avec d’autres facteurs environnementaux, comme l’habitat physique (hydraulique, substrat), la disponibilité de l’oxygène, voire des facteurs de contrôle anthropiques (présence d’ouvrages hydrauliques à l’amont et gestion des débits pour l’hydroélectricité).
L’objectif de ce projet en collaboration entre RiverLy, EVS et le LEHNA est d’organiser une campagne d’échantillonnage permettant d’analyser ces patrons spatiaux de température, par 2 méthodes : une imagerie infrarouge thermique longitudinale de la basse rivière d’Ain, un réseau de capteurs thermiques et oxygènes in-situ sur des annexes hydrauliques de la Saône. Ces nouvelles données alimenteront des projets pré-existants d’analyse de la répartition et de l’utilisation des refuges thermiques froid, en période estivale, par les populations piscicoles (p.ex ThermieFrance – ANR-24-PEXO-0002, OneWater ; Ombre d’Ain, AERMC).

Dans un contexte de réchauffement climatique, la compréhension des effets de la température sur les interactions biologiques constitue un enjeu majeur, en particulier en agronomie. Les bactériophages représentent des solutions de biocontrôle fondées sur la nature, prometteuses contre les phytopathogènes bactériens, mais leur efficacité est encore essentiellement étudiée à température optimale de laboratoire, dans des conditions peu représentatives des situations réelles de culture, de récolte ou de stockage. Ce projet vise à déterminer comment un gradient thermique réaliste, couvrant les conditions de stockage, de culture, post récolte à température dite standard ou de forte chaleur (4 et 12°C - stockage, 25°C – culture/poste récolte standard, 35°C – forte chaleur), module l’efficacité des phages contre des phytopathogènes majeurs de la pomme de terre et de la laitue : deux Pectobacteriaceae (Pectobacterium atrosepticum, Dickeya solani) et Xanthomonas hortorum pv vitians. Nous analyserons l’effet de la température sur l’infection phagique, l’émergence de résistances bactériennes et l’efficacité du biocontrôle dans des modèles biologiques pertinents, sur tubercules de pomme de terre (P. atrosepticum, D. solani) et feuilles de laitue (X. hortorum). Le projet produira des données originales sur l’écophysiologie thermique des interactions phage-phytopathogène et sur le potentiel des phages comme solutions de biocontrôle adaptées à un contexte de changement climatique.